В 1965 году было построено новое, светлое и просторное здание школы в самом центре Черемушек – жилого района карасукских железнодорожников. Присвоено ей было название «Средняя общеобразовательная железнодорожная школа № 49 станции Карасук Западно-Сибирской железной дороги». 1-го сентября школа начала свой первый учебный год. Коллектив педагогов, в своей основе, был сформирован из учителей школы № 176 и возглавил его Семен Михайлович Журавлев. В последующие годы школой руководили Серафим Николаевич Галкин, Степан Сергеевич Атаманцев, Василий Иванович Шишлонов, Галина Карловна Передириенко. Сегодня возглавляет школу Иванов Владимир Иванович.

 С первых дней существования школы за ней было закреплено шефствующее предприятие: локомотивное депо станции Карасук. С 1968 года учащиеся в своих школьных мастерских стали изготовлять продукцию по заказу локомотивного депо. С 1975 года мастерские стали работать по принципу самоокупляемости, а в 1988 году на их базе был создан филиал инструментально-заготовительного цеха локомотивного депо «Авангард», где работали учащиеся 7-10 классов. Возглавлял эту работу Короткий Анатолий Павлович, которому было присвоено звание «Почетный железнодорожник».  Традиционно на высоком уровне в школе ведется спортивная работа. Живы в школе и традиции, связанные с эстетическим воспитанием учащихся, активно работает и развивается музей. Практически постоянно действует в школе хоровой коллектив, вокальные ансамбли учителей и учащихся, танцевальные группы. Ежегодно проводятся общешкольные конкурсы чтецов. в 1992 году начали работать педагогические классы. В 1996 году школа перешла в муниципальную собственность Карасукского района. 22 октября школа отметила своё 45 - летие. Не мало добрых слов о школе в этот день сказали   представители районной и городской власти, Василий Иванович Шишлонов, директора городских школ и выпускники. С днём рождения, школа № 49!